জাফর ইমামের পৈতৃক বাড়ি ফেনী জেলার ফেনী পৌর এলাকায়। তার গ্রামের বাড়ি ফেনী জেলার ফুলগাজী থানার নোয়াপুর গ্রামে। বাবার নাম শেখ ওয়াহিদুল্লাহ চৌধুরী এবং মায়ের নাম আজমেরি বেগম। তার স্ত্রীর নাম নূরমহল বেগম। তাদের কোনো সন্তান নেই। জাফর ইমামের ডাক নাম হুমায়ুন। তিনি ফেনী হাইস্কুলের শিক্ষার্থী ছিলেন।জাফর ইমাম পাকিস্তানি সেনাবাহিনীতে চাকরি করতেন। ১৯৭১ সালে ঢাকায় ছিলেন। মুক্তিযুদ্ধ শুরু হলে এপ্রিল মাসের মাঝামাঝি ঢাকা থেকে পালিয়ে যুদ্ধে যোগ দেন। পরে দুই নম্বর সেক্টরের রাজনগর সাব-সেক্টরের অধিনায়ক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। মুক্তিযুদ্ধের চূড়ান্ত পর্যায়ে তাকে নিয়মিত মুক্তিবাহিনীর কে ফোর্সের অধীন পুনর্গঠিত ১০ ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্টের অধিনায়কের দায়িত্বও দেওয়া হয়।