‘দীঘল জলে নিমগ্নতা’ উপন্যাসের গল্পটা এ রকম: শাফিউল তার প্রিয় শহর ছেড়ে ডাক্তারি পড়তে ঢাকায় আসে। রাজধানীতে তার শুরুর দিনগুলো খুব একটা সহজ ছিল না। এই শহরে তাকে কঠিন বাস্তবতার সঙ্গে যুদ্ধ করতে হয়। চাচাতো বোন সোহানা ভালো-মন্দ সব কাজে সহায়তা করে তাকে। পড়াশোনা, মানসিক দ্বন্দ্ব-সংঘাত সব মিলিয়ে শাফিউলকে পড়তে হয় টানাপড়েনে। এই টানাপড়েন নতুন এক জীবনবোধ তৈরি করে তার ভেতর। এদিকে সোহানার কাছ থেকে সরে গিয়ে প্রেমিক মঈন তার দীর্ঘদিনের প্রেমিকাকে বিয়ে করে ফেলে। কোনো এক আশ্চর্য কারণে সোহানা মঈনের এই আচরণ মেনে নেয়। শাফিউল তার আশপাশে ঘটতে থাকা নানা ঘটনার সঙ্গে যুক্ত হয়ে যায়। সে নিজেকে এর থেকে মুক্ত রাখতে পারে না। এক অদৃশ্য সুতোয় সে-ও ঘটনার সঙ্গে জড়িয়ে যেতে থাকে।